来到了紫苑镇的小新一行人，小新带着小智一行人来到了幽灵塔，在塔里面遇到了鬼斯，鬼斯通和耿鬼，在一番游玩后，小智收服了鬼斯通，小新把鬼斯和耿鬼一起收服了。
收服精灵后，小新一行人返回了黄金市挑战道馆。在一番挑战后小智终于打败了娜姿，得到了徽章。在精灵中心休息去了一天，小新一行人又开始了旅行。
在彩虹市的途中，小智遇到了一只猴怪，在跟猴怪打闹一段时间后，小猪终于收服了火爆猴，小新一行人继续朝着彩虹市出发了。走了一段时间，小新几人终于到了彩虹市。
彩虹市经济发达，人口充足，这边的香水产业十分发达，小新一行人朝着散发香味的地方走去。然后来到了专门买香水的的店铺，除了小智哥哥这个低情商的人，小新几人都在了解香水的情况。小新准备买些香水送给妈妈，小霞也很喜欢香水，小刚这个舔狗看见美女就是一顿花痴。在小新几人一番购物后，决定去精灵医院检查一下精灵健康。
吃了午饭休息足够了，小新一群人去到了黄金道馆去挑战，还是先让小智挑战。
道馆训练家艾莉嘉放出了口呆花，小智放出了妙蛙种子，道馆挑战3V3。小新看了一下数据
精灵：蔓藤怪
性别：雌
资质：天王
特性：叶绿素
等级：20级
属性：草，毒
技能：睡眠粉，吸收，藤鞭，纠缠，根深蒂固，毒粉末，绑紧
精灵：妙蛙种子
性别：雄
资质：天王
特性：茂盛
等级：15级
属性：草、毒
技能：冲击，嚎叫，寄生种子，腾鞭，睡眠粉，毒粉末，吸收，剧毒。
在一阵对战后，妙蛙种子被麻痹了，小智换出小火龙，艾莉嘉换上了口呆花。
精灵：小火龙
性别：雄
资质：天王
特性：猛火
等级：15级
属性：火、一般
技能：利爪，火花，瞪眼，愤怒
精灵：口呆花
性别：雌
资质：道馆
特性：叶绿素
等级：17级
属性：草、毒
技能：睡眠粉，吸收，藤鞭，纠缠，毒粉末，绑紧
在一番激烈的战斗后，口呆花被击败了，艾莉嘉拿出了臭臭花。
精灵：臭臭花
性别：雌
资质：道馆
特性：叶绿素
等级：20级
属性：草、毒
技能：睡眠粉，吸收，藤鞭，纠缠，毒粉，溶解液，生长，甜甜香气，超级吸取。
小智的小火龙被臭臭花释放的臭气臭的失去了战斗能力，刚准备再次放出精灵的小智被突然出现的火箭队的捣乱而终止了，道馆里面被火箭队点燃，小新放出暴鲤龙，击飞了火箭队，帮忙把道馆的火灭了。小新放出了自己精灵，发现小新都是天王级的精灵了，艾莉嘉因为小智一行人救火，保护了道馆，小智和小新被艾丽嘉赠送了道馆徽章。
小新抽奖又开始了，这一次抽中了草系能量方块的配方，小新一行人开始买材料制作这款草系能量方块，做好了拿出来给小智的妙蛙种子服用，发现这款草系的能量方块可以让草系精灵增加美丽度和经验值，还可以让草系精灵培育的更加健康，小新为这款能量方块起名“生机”，让后去到了精灵医院联系大木博士和小翠，让他们推出这款“生机”的能量方块。就这样小新一行朝着下个道馆出发旅行了。
小新一行人来到一座繁华的城市，遇到了捣蛋索利普，还有火箭队捣乱，小新一行人击败了索利普，然后来到了精灵中心，小霞遇到了一只可达鸭，最后小霞对战收服了，来到城市的培育街和美容街，小新和小刚在这里学习很多培育精灵的方法，又遇到倒霉蛋火箭队三人组，又一次击败了火箭队三人组，小刚遇到一只九尾，小刚又收服了九尾，开始朝着下一个道馆出发了。
小新一行人在路上遇到一只格斗精灵艾比郎，小智想要收服，在一番pk对战后，原来艾比郎是有主人的，来了一个大叔，大叔的女儿也出现了，然后在大叔女儿的讲解下，小新一人知道了经过，大叔女儿拜托小新一行人击败大叔，由于小新没有格斗系精灵，就这样小智和小刚参加了格斗大赛。
赛场上小智的火爆猴取得了格斗大赛的冠军。大叔想把小智的火爆猴带到p1大赛上去，想让他成为冠军，在一阵交谈中，小智把火爆猴留在了大叔那。就这小新一行人的旅行继续开始了。
经过了漫长的旅行，小新的精灵等级又升级了，喷火了77级，比雕80级，毒刺水母71级，大针峰65级，暴鲤龙48级。小新行人来到了满是污染的城市，黑云市。在黑云市小新人一行人遇到捣乱的臭泥导致了精灵医院没电，最后小新一行人来到了电厂，帮忙把电厂恢复，小智收服了一只臭臭泥，黑云市的旅行就这样结束了，小新一行人继续朝着下一个道馆前进。
在旅途中遇到一群地鼠，在这里遇到小茂，还有很多训练家被建水库的人请来，但是精灵不都愿意出来和地鼠对战，最后小新一行人和水库负责人看到了地球辛勤的植树，感动了之下，水库负责人也不想在修建水库了。就这样小新一行人开始下一次的旅行。
终于在一片森林里找到了浅红道馆了，小新和小智终于开了第五个徽章的战斗。小智和馆主开始2V2的比赛。小智放出了比比鸟，馆主放出毛球。小新查看了对面馆主的数据。
精灵：毛球
性别：雄
资质：道馆
特性：有色眼镜
等级：21级
属性：虫、毒
技能：毒粉，撞击，识破，定身术，超音波，念力，幻想光线。
馆主的精灵，一放出了就进化成为末入娥，小智的比比鸟被末入娥的麻痹粉和睡眠粉弄的睡着了，突然火箭队又来捣乱了，小新放出了暴鲤龙出来，使用了破坏光线击飞了火箭队三人组。就这样小智和馆主来到外面的场地对战。馆主放出了大嘴蝠，小智排出了小火龙。小新查看了大嘴蝠的数据。
精灵：大嘴蝠
性别：雄
资质：道馆
特性：穿透
等级：22级
属性：毒、飞
技能：刺耳声，超音波，吸血，惊吓，咬住，翅膀攻击。
小智在一份苦都中打败了馆主，小新原本好像和馆主比赛，馆主为了感谢小新帮忙把火箭队赶走直接送了小新徽章。
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