其次是来自议会的反对，整个海军总参谋部对皇帝直接负责，那么这是至首相于何地？从法律上德国可只有一个直接对皇帝负责的官员，那就是首相。陆军总参谋长就算有直接面见皇帝的权力，但也不是说可以把首相抛到一边去的，因此议会将这项改革看作是对帝国宪法和对首相权威的冒犯。
受到各方阻挠后，约亨意识到自己有些操之过急想当然了，虽然有皇帝的支持，卡普里维本身也没有反对，不过就算强行推行下去难免会和陆军和议会产生裂痕。德国内部的旧势力就算是皇帝和首相也要掂量掂量要不要对着干啊。
于是计划被重新调整，为了安抚陆军，将帝国军事内阁降级，并入帝国总参谋部，帝国总参谋长因此有了对陆军军官的任命的管理权。
不过如此一来陆军的权力就会大增，那么约亨提出，建立帝国战争部压到帝国总参谋部头上去。原本普鲁士王国军事机构中是有个普鲁士战争部的，不过现在已经没了。
普鲁士战争部实际上就相当于普鲁士国防部，管理军队的行政事务，不过在有了海军部以后，战争部实际上就相当于陆军部了。不过因为普鲁士总参谋部的权利越来越大，普鲁士战争部的意义就越来越低了。
自从1870年以后普鲁士战争部就一直被总参谋部所把持，实际上名存实亡。在组建国防军时普鲁士总参谋部变成帝国总参谋部后，普鲁士战争部就没有意义了，然后被腓特烈三世取消。
而现在德国军事行政体系分成帝国总参谋部和海军部这两个互不统属的部门。约亨提出，既然如此，不如组建帝国战争部，将帝国总参谋部降格为陆军总参谋部，和海军总参谋部一起被帝国战争部管辖。
并且参照海军，将军需总监从总参谋部中分离出来，学习海军那样组建独立的陆军办公室，而原本的总参谋部的职能变成了陆军总司令部的职能。各军种军事内阁这个名称被取消，改为各军种人事部。
各军种负责自己内部的人事任命，装备采购，后勤等任务，但是行政体系上是隶属于战争部之下的，各军种编制规划等一些工作需要通过战争部长批准，不过战争部长没有作战指挥权，只能对帝国的国防政策进行规划。
战争部长由文职担任，作为首相内阁的国防政策顾问。这样一来打压了陆军总参谋部的权利，将海军提升至和陆军相同的地位，加强了首相的权威，也符合议会的要求。
当然，德国军队内部的旧势力对于这种削权行为肯定是抵触的，因此保留了军种的作战指挥权、人事独立、装备采购独立，最大限度的保留了军官团们的权利。
腓特烈三世对当年瓦尔德泽和军事内阁联手让战争部被总参谋部把持一直感到不满，因为帝国总参谋部的职能范围已经超过战争部而被取消，也让腓特烈三世认为是有违传统的。在这种形式下建立一个可以协调陆海军之间的军事行政部门是有必要的。
但是此时的陆军总参谋部的权力很难削弱，因此新的战争部的权力只能说比1947年的美国国防部长那种是“各有一套人马的军种部的人质”的情况好上那么一点，还不如1949年《国家安全法》通过后的美国国防部长的权力，至少这个时候的美国国防部长有了管各军种预算的权力了。
总的来说，皇帝失去了人事任免的权利这对皇帝掌握军队是不利的；陆军总参谋部则获得了军官任免权，但是其不能再影响首相和皇帝的国防政策了，不能利用军队绑架国家政策，这是有利的。
首相对军队的干涉能力增加了，作为内阁成员，战争部长是由首相挑选的，因此首相在一定程度上有了对军队的干涉能力，这也是有利的，至少像历史上总参谋长兴登堡要将两任帝国首相免职的难度可就大得多了。
衡量利弊之下，约亨觉得这是一件好事。说实话，就算皇帝掌握了军官任免的权利，总参谋部权利大了不是照样架空你。
改组的方案在1897年末才在议会通过并立法，所以到1898年中旬才基本完成改组和组织架构的搭建。在皇帝、首相、议会三方面的推行下，陆军也只能接受这个改组。
不过因为此时德国军事力量叫做国防军，因此战争部也被改名为国防部，首任国防部部长原本最合适的人选应该是施里芬这个原帝国总参谋长，不过这样就会导致施里芬原本正在进行的工作的中断，因此被施利芬拒绝。
结果一时之下居然找不到比施里芬更有资格接任这一职位的人，无奈之下卡普里维最终选择了快要退休的普鲁士首相霍恩洛厄-希灵斯菲斯特亲王来暂时担任这一职务。
虽然对一个不是军队出身的人担任国防部长陆军颇有微词，不过面对普鲁士首相，而且有着担任外交部长和阿尔萨斯-洛林区行政长官经历的霍恩洛厄-希灵斯菲斯特亲王在资历上倒是无可指摘。
由于腓特烈三世对卡普里维的信任，因此卡普里维能在帝国首相的位置上坐到现在，而霍恩洛厄-希灵斯菲斯特亲王则失去了成为帝国首相的机会。成为帝国国防部长，帮助稳住这个新机构的根基，也只有霍恩洛厄-希灵斯菲斯特亲王这个老资格才能镇场子了。
原海军部长亚历山大•冯•蒙茨担任海军总参谋长，不过由于身体原因，蒙茨已经准备在1899年初辞职，这只有短短半年的任期也不过是让第一任这个头衔戴到这个为帝国海军工作了10年的老海军的头上。
11月，远东舰队司令提尔皮茨少将回国述职，担任海军的新部门，海军办公室的第一任办公室主任。他刚上任，就有两个重要的工作等着他。
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