小胜抱着基拉祈乘机逃跑，巴特勒看见就一把将黛安推开，命令彷徨夜灵抓住小胜，结果被小智的皮卡丘阻止。虚弱的基拉祈说自己要回到法恩斯，同时黛安和小智三人也顺利撤出帐篷，巴特勒命令彷徨夜灵阻止他们，但被冲出笼子的阿勃梭鲁攻击。
黛安和小智一行坐上房车带着基拉祈逃跑，巴特勒放出土狼犬，让它在房车底下装上了一个追踪器，喵喵三人组看他们带着基拉祈跑路，也跟上他们。在房车上黛安听说基拉祈要回法恩斯，于是告诉他们，法恩斯就是巴特勒发现基拉祈结晶的地方。巴特勒曾是为熔岩队服务的科学家，他想让固拉多再生，但实验失败的他被放弃；孰料却在法恩斯找到了基拉祈，他想利用基拉祈的力量证明给熔岩队看看自己的理论是没有问题的，于是他打算利用基拉祈取得千年彗星的能量，而基拉祈的唤醒需要它的少年伙伴；他做巡回魔术表演，就是为了等待少年的出现，刚好小胜就是他们要等的人，众人也决定将基拉祈送回法恩斯，让它平安的度过这几天。
明龖也在暗地里和许愿星做了一次沟通，但基拉祈无法感受明龖身上异世界的气息，显然明龖没有办法通过许愿星的力量回到过去；明龖就像接受了一个明明早已知道结果的判决书，竟然毫无波澜，不悲不喜再次隐藏在阴影里，这次的事情远还没有结束。
巴特勒透过追踪器看到黛安他们的目的地是法恩斯，失望地认为黛安背叛了自己，并且准备启动了另一套装置继续之前未完成的实验。千年彗星出现后的第三天，小智一行路过一片坑洼的荒地时，追踪器被震掉了，这个已经不重要了。晚上，小遥在车后许完愿回到房车，看见黛安正注视着魔术表演的传单；黛安还在思念她的青梅竹马—巴特勒，小时候巴特勒很爱搞各种发明，是一个喜欢带给大家惊喜的人，谁能想到现在变成了这样；不过还有四天基拉祈就会沉睡，黛安相信到那时巴特勒的野心自然就会结束，他一定会变回原来的巴特勒。
白天一行人继续赶路，同样也是磨练，不过小胜和基拉祈还是很欢乐，火箭队三人组也在后面紧跟不舍；夜里，小遥拿出圆梦之星许了愿，看见火堆边弟弟与基拉祈高兴玩耍的样子，她又拿起圆梦之星，发现只剩三个角没有折上了。千年彗星出现后的第五天，小胜意识到自己与基拉祈相处的时间没有多少了，回头看看基拉祈天真的笑容，什么话也说不出，趴在车窗上发愁；当小遥把圆梦之星的倒数第三个角折起时，小胜终于忍受不了，求姐姐不要在这样了，随后跑到湖边坐下。很快就要再也见不到基拉祈了，“对于基拉祈来说，睡一千年，可能也只是一瞬间呢……”，小智的一番感叹，似乎化开了小胜的心结，似乎又没有。
千年彗星出现后的第六天，车子穿过一条峡谷，来到了目的地—法恩斯，这是一片无边无际的岩石与树木的丛林，大家只能徒步走进法恩斯。晚上，小遥许完愿后催促小胜睡觉，小遥再次哼起妈妈的摇篮曲，与基拉祈相处的时间只剩下一天，伤感开始萦绕着他们。
千年彗星出现的最后一天，五人继续前行，在路上遇到了阿勃梭鲁，示意他们跟上；走到傍晚，森林里的宝可梦们纷纷跑来迎接基拉祈，在它们的注视下，一行人来到森林最深处的洞穴，黛安打开挂灯向洞穴里进发。洞穴的最深处上方有一个大裂缝，从裂缝中可以看见星空中的千年彗星，阿勃梭鲁把五人带到这里，抬头示意各位看上面的千年彗星，随后跑进黑暗中。
“星星在呼唤我……”基拉祈慢慢飞起来，却被小胜紧紧抱住，“好不容易成为朋友，马上又要分开，”小胜哭着说，“与其这样还不如当初不认识。”但基拉祈必须完成自己的使命，它飞起来，躺着面对着千年彗星，闭上眼睛，而肚子上的真实之眼慢慢打开。黛安说在召唤出彗星的能量后，基拉祈会在沉睡的一千年里将能量一点点地注入大地之中，就因为这样，法恩斯才能保存这么富饶的土地，可以说是基拉祈养育出的这片充满生机的法恩斯。
就在大家以为一切就将顺利的结束时，裂缝的石壁上忽然破出了许多针状物，它们打开，对着基拉祈射出紫色电流，形成一个点球将基拉祈包围，而基拉祈浑然不知。电流将基拉祈托起，同时遮住洞口的黑幕落下，巴特勒出现在空中，站在了架设在岩石间的装置平台上！
“欢迎光临真正的大魔术师巴特勒的魔术表演！”巴特勒大声地宣布了“魔术”的开始，继而对被困在下方的“观众”解释自己的计划：“为了打开基拉祈的心，得到它的信任，你们几个人的友情是最有效果的；而你们，正是我对基拉祈设下的最后而且是最大的圈套，黛安，等实验成功后，我相信你一定会重新理解我的。”基拉祈的真实之眼已经打开，明龖“没能”阻止巴特勒。
结束反派的慷慨激昂，紫色电流包围了“观众”们，“各位，最高潮的部分开始了！请尽情享受这场伟大的表演吧！”巴特勒将基拉祈转移到装置上，随后他启动装置，基拉祈再次对千年彗星射出蓝光，彗星也同样在闪烁之后返回了一道蓝紫光线，不过这次并没有发生爆炸，基拉祈持续地接收着彗星的能量，巴特勒又启动一些开关，平台上立起几台控制器，底部伸出的三个圆锥产生的电流聚集在一起开始烧灼地面，固拉多似乎就要复活了！
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