各路官军好不容易才算是控制了登州城，可是等他们拼死拼活夺占了各个要地之后，打开库房才发现，里面基本上是空空如也，除了找到了一些叛军来不及转移的粮食之外，金银珠宝基本上没找到多少，倒是他们这两天的激战下来，死伤惨重，这点所获，根本不够他们塞牙缝的。
于是他们这才意识到，又上了于孝天的恶当了，于孝天哪儿是拱手相让，根本就是提前预料到了叛军会将城中大批财货转移到水城之中，所以才让他们到前面跟叛军死磕。
这一下倒好，他们是打掉牙也只能和血朝肚子里面咽，哑巴吃黄连有苦自知，一个个暗自大呼上当，但是却也拿于孝天没有办法。
朱大典得知登州城已经被官军控制，这才移入到登州城中，坐镇指挥攻打登州水城，朱大典也找于孝天问及为何他的水师到现在还没有堵上登州水门，给叛军来个关门打狗。
于孝天于是便编了一套谎话，说他的水师只到了一部分，还有部分水师现如今还在路上，而且叛军在海上还派出了不少战船，堵截他的水师，现在他的水师过不来。
朱大典虽然感觉着于孝天似乎没说实话，但是却也无法考证，于是只得选择相信于孝天的话。
可是这么坐等下去也不是办法，现如今有人已经告知他，叛军这两天连日在水门外面凿冰，已经凿开了水门外的海冰，打通了出海的通道，他也猜得出叛军肯定要走水路出逃了，与其坐等下去，倒还不如尽快攻克水城，看看能不能把叛军堵在水城之中一部分。
于是他立即调兵遣将，开始布置攻打水城，各部都领命下去，开始安排攻城之事。
于孝天也领命负责一段城墙的进攻，从东面主城墙攻打水城，他派出部分兵力，开始按照朱大典的要求动手，可是叛军这会儿正在安排撤退，抵抗的十分顽强，加之他也没有打算拼命的进攻，激战两天下来，水城也没有能被他们攻克。
倒是当他们准备继续强攻的时候，大批叛军连夜登船，开始坐船连夜冲出了水城，朝着长岛逃去。
等官军天亮攻入水城的时候，水城里面的叛军已经是逃了个一干二净，仅剩下一些被他们抛弃的老弱病残，至于财货则基本上啥也没有留下，只要能装船运走的，叛军都装上了船带离了水城。
虽然这一战官军算是获得了大捷，可是美中不足的是官军却并未将叛军全歼在了登州城中，令朱大典不由得有些扼腕叹息，但是却也无可奈何。
他也知道，叛军一旦遁入海中，想要再堵住他们，就不容易了，就算是于孝天的水师这时候赶来，也恐怕无法全歼叛军。
他思量了一下之后，认为叛军眼下已经无路可逃，唯有退回到东江镇那边，于是他便立即派人乘坐小船赶往东江镇，着令目前的东江镇总兵黄龙，在东江镇那边严防死守，一旦发现叛军船队试图在东江镇登陆，便立即围追堵截，务求要把叛军消灭在东江镇，不能让叛军在东江镇那边再次坐大。
安排过这件事之后，他便立即派人赶往京师奏捷，不管怎么说，这一次他基本上算是完满的解决了登莱叛军的麻烦，总算是可以给皇上交代了。
消息以每小时数十里的速度，赶往了京师，两天之后官军克复整个登州城的消息便报到了京师的皇宫之中。
为了登莱之乱，已经烦心了一年多的崇祯，在得知这个消息之后，果真是大喜过望，看罢了战报之后，得知又是于孝天率军首先攻入的登州城之中，顿时龙颜大悦，当即下旨授于孝天为定国将军。
本来像这种授予散官称号的事情，就算是给，也一般要先给个镇国将军，升一级的时候才是定国将军，再升一级，才是奉国将军，勋护军，可是崇祯这次心情大好，居然直接便给了于孝天一个定国将军的名号，也算是特别嘉奖了。
另外崇祯令朱大典，尽快恢复登莱饱受战祸的地面，清剿残余叛军溃兵，这种事就不再多说了。
可是他们却迟迟没有收到东江镇黄龙那边，传回来任何叛军的消息，叛军逃出登州水城之后，便如同石沉大海了一般，再也没有了消息，很长一段时间之后，才有人传言，说叛军在逃入海中之后，并未立即乘船赶往东江镇那边，而是先临时在庙岛群岛之中的龟岛，也就是后世说的砣矶岛停驻。
在叛军逃出登州城的时候，原本他们是想要先退往距离登州城不太远的长岛上停驻的，可是当他们到了长岛之后，发现长岛已经被于家军的水师攻占，而且见到于家军水师战船很大，数量也不少，叛军新败之下，无心恋战，立即逃往了龟岛。
随后他们刚到龟岛，还没有得以喘息，大批于家军水师便衔尾追到了龟岛，孔有德无奈之下，率部与之在海上激战一场，可是叛军水师根本不是于家军水师的对手，被接连干沉了不少条船之后，叛军只好逃回岛上。
结果被抛弃在岸边或者湾子里面的叛军战船，被于家军尽数摧毁或者是被缴获，孔有德率领的一万多叛军，就这么被困在了龟岛上，成了瓮中之鳖。
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