说是全国灭鼠，但朱由检并未如同山海关那样进行全民动员，只是降旨晓谕全国各地：“时疫”实为鼠疫，由老鼠和跳蚤传播，各地府县应督导当地百姓灭鼠、除蚤。除了这道圣旨以外，并没有什么实质性措施，真正大张旗鼓的灭鼠运动只在顺天府、尤其是京师城内展开。
这并不是朱由检厚此薄彼，实在是因为他深知各地官场腐败透顶，上至方面大员，下至普通胥吏，无不只知自己捞钱，根本不管百姓的死活。
而不论是任何改革，如果天真地认为只要皇帝圣旨一下，下面闻风而动，很快全国就面貌一新，那无疑是痴人说梦。究其最大的原因，就在于负责执行的这帮官吏，以及和他们勾结在一起的富绅集团。他们凡事都只会从自己的利益出发，没好处的事绝对不干，触及到他们利益的更会阳奉阴违、暗中破坏。
如果朱由检将山海关的经验照搬到全国，恐怕下面那些歪嘴和尚就会把经念变了味。最简单的，你不是捕鼠百只赏银一两么？我就找几个人先抓些老鼠领赏，然后这些老鼠也不焚毁，前门送进去，后门偷着送出来，循环往复领赏，直到腐烂光了为止。如此舞弊，就是有多少银子也不够他们糟蹋的。
而朱由检现在有在全国范围内制约舞弊的手段么？答案显然是否定的。虽然内帑银现有数千万两之多，但这些银子是一次性抄检出来的，并非经常性收入，用一点便少一点。该花的钱，一次支出几十万、几百万两，朱由检眼都不会眨一下；可不该花的钱，尤其是明知道会被贪污掉的钱，他可是少一个子也心疼。
所以这次灭鼠运动，朱由检不以官府为主导，而是让包玉怜的太医院去做，官府只起辅助作用，尤其是不让他们碰钱。
朱由检这么做还有另外一个目的，就是以此为契机，不显山不露水地开始政府机构改革。
明代的政府机构设置算是封建王朝的集大成者，体系完整，结构复杂。然而与现代社会比起来，那就太过寒酸了。中央只有六部五寺，十一个机构就涵盖了天下所有事务；地方政府就更简单，尤其是到县这一级，一个县衙，大事小情全归他管。
权力的高度集中，必然导致两大后果：一是行政能力弱，效率低下，二就是腐败。发展到明末，整个官场已经是腐败透顶、积重难返，朱由检想要逆转乾坤拯救中华，非得进行一次从人事到制度的彻底改革不可。
但改革谈何容易，尤其是政府机构改革，更是直接触动官员集团的利益，稍有不慎就会激起猛烈反弹。所以朱由检只好先从不起眼处入手，这太医院就是个极好的切入点。它既不属于六部五寺，职能又极为重要，可以说是集现代社会的卫生部、环保部、药监局职能于一身，而这些职能恰恰是现有政府机构缺失的一环。
这样，朱由检命包玉怜协理太医院，就有了一箭双雕的效果：既解决医疗卫生等实际问题，又在现有政府机构之外，另组了一套班子。当这样的机构越来越多、职能覆盖越来越广、掌握的资源也越来越丰富时，再择机进行大规模机构改革，阻力就会小很多了。
因此这次灭鼠运动，就先在包玉怜的主持下从京师开始。当然，成功的经验可以复制，太医院很快在全城各处张贴布告：不论男女老幼，捕鼠百只，可领赏银一两。同时在内、外城各城门外设兑换点，当场清点、当场兑现。
这招经济刺激果然立竿见影，当天就有大批百姓扛着一口袋一口袋的老鼠尸体，赶来兑换点换银子。也难怪他们如此积极，因为这些处于社会底层的百姓，既无产业亦无特长，只能从事一些简单的手工业，或是为达官贵人提供各种服务。所谓“贩夫走卒”，即是他们赖以为生的职业的生动写照。
而他们的收入也非常微薄，每天从早忙到黑，也仅能勉强糊口而已。现在京师的米价是四两一石，这一石粮食，也就是一百二十斤，勉强够一家老小吃两个月的。也就是说，如果一户人家每个月能收入二两银子，日子就能凑合着过；如果连二两银子都没有，那就免不了时常挨饿了。
而太医院这项“以鼠换银”的措施，在广大穷苦百姓看来，无疑是天上掉馅饼！谁能想到人人讨厌的老鼠，居然还能换成白花花的银子！
于是不用任何人动员，老百姓自发地就兴起了一场声势浩大的灭鼠运动，捕鼠方法自是八仙过海，各显其能。在太医院贴出告示的第一天，就有一千多两银子被领走。与之对应的，则是十万多只老鼠尸体被收缴，并在城门外挖好的大坑里付之一炬。有些百姓一时抓不到那么多老鼠，就把几家捕获的老鼠凑到一起，领赏之后再回去换成铜板细分。一时之间，京师百姓见面打招呼，都不再问“吃了么”，而变成了“今儿个抓了多少耗子？”
全城百姓都因为捕鼠换银而喜气洋洋，可是偏有些官员，连这个也看不顺眼。礼部尚书来宗道就上疏劝皇帝停止灭鼠，理由一是老鼠亦为生灵，大量捕杀有违天和；二是老鼠数量实在太多，百鼠换一两银子，万一内帑银不敷使用怎么办？
朱由检看了嗤之以鼻，连回复也懒得回复，直接将奏章留中了。捕鼠的意义他也不想反复强调了，太医院的告示写得很清楚，什么“有违天和”，纯属扯淡，老鼠又不是珍惜动物，而是典型的害兽！
至于老鼠数量的问题，朱由检也早心中有数。他知道一个城市家鼠的数量与人口密切相关，一般是人口的三到九倍。京师人口不下百万，那么老鼠的数量大概就在一千万只左右。如果一两银子换一百只老鼠，即使把这一千万只老鼠全捕杀了，也不过十万两银子而已。比起老鼠带来的极大危害，这十万两银子花得绝对值！
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