建文元年（公元1400年）正月，燕王派王府长史葛诚入京朝贺，结果这位葛长史被皇帝本人亲自策反。葛诚回到北平之后，虽说朱棣曾对他产生怀疑，可从后面的历史发展来看，葛诚潜伏得很好。至此，燕王府对于朝廷来说已经毫无秘密可言。
据清初历史学家谷应泰在其着作《明史纪事本末》中所说，朱棣曾经在建文元年二月到南京朝觐新皇帝。朱允炆在这个月内追尊他老爹懿文皇太子朱标为孝康皇帝，庙号兴宗。尊其生母吕氏为皇太后，册皇太孙妃马氏为皇后，立长子朱文奎为皇太子。朱棣此来，应该是来致贺的。
当时朝廷上下都劝皇帝趁这个机会除掉燕王，可是朱允炆也有苦衷，毕竟还没有拿到朱棣造反的真凭实据。现在自己追尊老爹，给生母上尊号，册立皇后和皇太子，桩桩件件都是大喜事，此时处理燕王太煞风景。但是朱棣虽然平安返回了北平，并不代表朝廷打算放他一马。
就在燕王回国不久，朱允炆令都督宋忠、徐凯、耿瓛率军分驻扎开平、临清、山海关。宋忠，锦衣卫出身，太祖朱元璋的嫡系部下。开平位于北平之北，深入草原，是明初北方防线的关键节点。朱允炆给了宋忠三万大军，又从此前已经驻扎于此的燕山三护卫中挑精壮官军“悉选隶忠麾下“。临清位于北平之南，是京杭大运河中的重要枢纽。徐凯出身四川都司，长期在四川一带平定叛乱，具有丰富的作战经验。而徐凯此前的顶头上司蜀王朱椿，是方孝孺的好友，他的忠心毋庸置疑。山海关位于北平之东，是连接辽东和北平的门户。耿瓛是开国元勋长兴侯耿炳文的儿子，他的夫人是朱标的长女江都公主。换句话说，北平城已经被朝廷大军合围。朱棣如果向西，会进入山西境内，那里是晋王的地盘。为了进一步削弱燕王的影响力，北平城内的北平卫和永清卫官军，被分别调离北平，前往彰德府（今河南安阳）和顺德府（今河北邢台）驻扎。
朱棣此前在二月份亲自进京，就是为了向朝廷表明心迹，希望大侄子朱允炆能够高抬贵手，放自己一条生路。到了四月份，为了准备临祭太祖朱元璋小祥（指去世周年祭），朱棣将仅有的三个儿子燕王世子朱高炽，高阳王朱高煦、三郡王朱高燧一起派往南京。朱棣此举，还是向朝廷表露忠心。你看我把三个儿子都派来了，我不可能谋反。从笔者的角度来看，当时的朱棣确实不想造反，他已经把他该做的、能做的，做到了极致。
夏四月，太祖小祥，燕王遣世子及其弟高煦、高燧入临。或曰：“不宜偕往。“王曰：“令朝廷勿疑也。“—《明史纪事本末·卷十六》
可惜建文朝廷布下的那张天罗地网仍然在继续收紧，这次的对象是朱棣封国附近的亲王们。青州的齐王朱榑，曾随朱棣出塞。一旦其在青州起兵，朝廷大军将腹背受敌。大同的代王朱桂，与朱棣同为中山武宁王徐达女婿。大同在北平以西，是朝廷三路大军的唯一缺口。于是齐王和代王分别被废。
荆州的湘王朱柏，是当年仅有的两名观摩了皇太孙册封大典的亲王之一，另一人当然就是燕王朱棣。荆州地控长江天险，湘王又可能知道了太多的秘密，朝廷怕他协助朱棣偷袭南京。但是湘王很有骨气，面对如狼似虎的朝廷官军，他不屑一顾，冷静地整理衣冠，点燃宫殿，投火而死。上至王妃，下至宫人，全部追随湘王而去。
湘王之死，撕毁了建文朝廷“仁义道德“的假面具，因此朱允炆才气急败坏地给了湘王一个恶谥“戾“，称其为湘戾王。而在南京的朱高炽兄弟得到消息后深知情况有变，三人靠着朱高煦偷马，才一路逃回了北平。有人说建文朝廷迂腐，怎么能让兄弟三人轻易逃走。其实综合上文的分析我们就知道，朱允炆君臣一直要抓的就是朱棣谋反的证据，他们等的就是燕王起兵，然后可以名正言顺地予以镇压。
建文元年六月，已经做好所有准备的建文君臣开始正式出手。燕山护卫百户倪谅上奏朝廷，称王府官校于谅、周铎等人暗中谋逆。皇帝朱允炆立刻下诏斥责燕王，同时将于谅、周铎等人抓到南京处死，并夷其族。一个小小的百户胆敢控诉亲王，背后必然有南京朝廷的影子。
事到如今，自觉跳黄河也洗不清的朱棣觉得自己只剩下一条路：装疯。于是他以堂堂亲王之尊在市井之中胡言乱语，抢夺食物，满地打滚。北平布政使张昺、都指挥使谢贵为此亲自深入王府观察燕王动静，只见到寒暑之时朱棣围着火炉依然浑身打颤，平时走路也只能依靠拄拐。
张昺、谢贵入问疾，王盛夏围炉摇颤曰：“寒甚。“宫中亦杖而行。朝廷稍信之。—《明史纪事本末》
但关键时刻内奸葛诚挺身而出，将燕王装疯的消息及时传出，于是朝廷继续坚定搞死朱棣的决心。此时另一位燕山护卫百户邓庸奉命到南京奏事，却被齐泰下令打入大牢严刑拷问。邓庸受刑不过，只能供称燕王即将举兵造反。建文君臣如获至宝，朱允炆立刻下旨派遣使臣前往北平逮捕燕王府官属。同时密令张昺、谢贵联合王府内应长史葛诚、指挥卢振一起动手，务必将朱棣本人捉拿归案。
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